厦门市心血管病医院前身为厦门大学附属中山医院厦门市心脏中心。中心成立于2001年，是海外华侨及国际知名学者倡议、政府投资兴建的心血管病专科医疗机构，拥有国际一流的心血管病诊疗设备和先进的管理流程，为患者提供高水平、人性化的诊疗服务。2014年，医院年门、急诊量17万余人次，收住院患者6600余人次。
2014年6月，医院正式获厦门市政府批准独立建院，更名为厦门市心血管病医院。医院将在现有基础上发展，一期位于湖滨南路205号，拥有床位200张，二期择址厦门市湖里区五缘湾南片区，规划床位600张，占地2.3万平方米，将建成“海西一流、国内先进、与国际接轨”的知名医学中心和三甲心血管病专科医院。
　　2003年，医院率先在福建省开通胸痛绿色通道，全天候24小时开展急诊冠状动脉开通的微创介入治疗，十余年来挽救了上千例急性心肌梗塞病人。2013年，医院胸痛中心成立，启动了中国首个“全市覆盖区域协同胸痛急救网络”，并于2014年4月通过中国胸痛中心协会首批认证、美国胸痛中心协会国际认证。“厦门模式”的胸痛急救网络已逐渐成为全国区域协同胸痛急救的典范和样板城市。
　　2008年，医院被批准为全国首批心血管疾病介入诊疗培训基地和具有开展心脏移植资质的医疗机构，2010年成为首批美国心脏病学院（ACC）中国教育基地，2011年心内科被评为国家临床重点专科，2012年4月份获得卫生部心律失常介入诊疗培训基地和福建省“先心”定点救治医院，2013年1月经美国心脏协会授权成立“美国心脏学会专业示范中心”。
　　医院设有心内科病区、心外科病区、心功能检查室、超声医学部、CCU、ICU、导管室、手术室、体检部、检验部等临床医技科室。拥有3间心脏专科导管室，及5间百级层流心外科手术室，配备多项高精尖设备，硬件条件达国内领先水平。
　　医院诊疗技术精湛，心内科常规开展各类心血管疾病的介入检查和治疗，技术水准达国内一流。心外科涵盖先天性心脏病、瓣膜、搭桥、大血管等各类心脏外科手术，手术成功率达国内先进水平。医院开展的填补福建省、厦门市空白的新技术、新方法达数十项。
　　秉承“您的健康是全体医院最大的心愿”的服务宗旨，将继续以高品质的服务、高精尖的技术，为百姓健康谋福祉，为“美丽厦门”添砖加瓦。