厦门市中医院正式成立于1956年11月，是全国首批示范性中医院、福建中医学院附属医院、北京中医药大学厦门临床医学院，是一所集中医医疗、教学、科研为一体的综合性中医院。

医院临床科室齐全，综合功能完善，中医特色鲜明。拥有了一批中西医结合、综合实力较强的重点专科，形成了具有中医特色的优势学科群。厦门市四大医学中心之一的肝病中心为**重点专科；脾胃专科的慢性胃炎是国家中医药管理局重点专病；同时拥有两个福建省重点专科——肛肠（痔疮）病治疗中心及糖尿病专科；还有中西医结合儿科、中西医结合胆胰专科、中西医结合骨关节病专科是福建省重点专科建设单位。

近几年来，医院先后被评为福建省文明中医院、厦门市百家窗口优质服务竞赛优胜单位、福建省“创文明行业、建满意窗口”示范单位。1995年通过**验收，成为全国首批示范性中医院。2001年经市卫生局批准，医院先后与市**门诊部、同安区中医院成立医疗服务联合体。