阜阳市中医医院是市区唯一家公立性三级综合中医医疗机构，医院承担着阜阳市及周边地区中医药医疗、教学、科研、急救、预防保健和康复的重要任务，是安徽省中医药大学教学实习医院。
医院始建于1953年，建筑总面积32780m2，医院占地面积48.81亩，编制床位450张，年门诊量15万人次，出院病人1.3万人次，现有正式职工405人，专业技术人员320人，其中拥有中高级职称近百人，研究生20人；医院科室设置齐全，拥有临床科室20个，医技科室13个，针灸推拿科和心内科是省级重点专科，肝病科是省级重点专病，肛肠科和头痛病专科是市级重点学科，院内重点专科5个，临床二级中医专业课题（组）８个，充分反映中医特色的专病门诊３２个。
其中临床一级中医科室19个，包括针灸推拿科、心内科、肝病科、肛肠科、头痛病专科、普内科、康复医学科、工伤康复中心、脑病科、内分泌科、皮肤科、重症医学科、急诊科、外科、骨科（包括中医）、妇产科（包括中医）、眼科、耳鼻喉科、口腔科、120急救分站等科室。
医院拥有1.5T核磁共振仪、DR、CT、C臂、彩超、全自动生化仪、麻醉呼吸机、层流净化手术室等10万元以上各类设备近150台。
按照国家标准建设的专业化中药制剂室，设计科学，布局合理，洁净区净化级别达3０万级，能够生产６种剂型２０多种常用中药制剂。
2000年安徽省中医管理局批准医院成立阜阳市肛肠治疗中心；2002年6月医院被安徽省卫生厅批准为国家中医类别执业医师资格实践技能考试基地；2007年被阜阳市卫生局批准为手足口病防治定点医院；2007年成立阜阳市紧急救援中心急救分站；2010年被安徽省人力资源和社会保障厅批准为阜阳市首家工伤医疗康复定点医院；2012年被安徽省卫生厅批准为职业病体检定点医院；2013年被国家卫生和计划生育委员会授予三级综合中医医院称号；2014年成为安徽省首批异地医保联网定点医疗机构。
医院力求将建成布局合理、环境优美、功能配套、科室齐全、设备先进、服务优质的现代化中医医院，竭诚为广大患者服务。