南京市雨花台区妇幼保健所成立于1975年，2004年成为南京市首批省级甲等妇幼保健所，是雨花台区的妇幼保健指导中心和人口计生服务中心。
南京市雨花台区妇幼保健所坚持妇幼卫生公益性质，2006年在南京市率先开展免费婚检服务，2009年率先开展妇女宫颈癌、乳腺癌检查项目，2010年全面实施农村妇女增补叶酸、农村孕产妇住院分娩补助以及预防艾滋病、梅毒、乙肝母婴传播等重大妇幼卫生项目。免费定期举办婚育课堂、孕妇学校、家长学校、儿童“康乐”夏令营、“乐视”训练营。全区妇女儿童健康水平不断提升，2012年，雨花台区进入首批江苏省妇幼卫生先进区行列。
该所积极吸纳优质资源，先后成立“南京市妇幼保健院社区妇幼保健基地”、“江苏省人民医院雨花眼保健中心”。开设妇科专家门诊、孕妇建卡、妇女病查治、宫颈疾病、乳腺疾病诊治、计划生育技术服务、优生优育、更年期保健、儿童体检、智能发育筛查、眼保健、听力保健、斜弱视训练、妇幼营养测评、儿童入园入托体检等项目。开展婴儿泳疗、儿童早期发展训练、妇女产后康复、盆底功能康复等特色服务。
南京市雨花台区妇幼保健所加强内涵建设，与市妇幼保健院建立科研战略合作关系，并将该所科研工作纳入南京医学科技发展资金平台，开展常见病、多发病防治的应用性研究，现已开展省、市、区科研课题11项，在国际期刊发表论文1篇，社区儿童眼保健模式多次在全国交流，取得了积极广泛的影响。
南京市雨花台区妇幼保健所荣获江苏省文明单位、南京市文明单位表彰，被授予江苏省“群众满意医疗卫生机构”、“巾帼文明岗”称号以及南京市“五一劳动奖状”，多次被评为雨花台区先进集体。